Так вопрос про меню или про "сам не знаю, че хочу"?
Можно, можно… учим матчасть

Шоткаты в Фотошопе имеют одну очень интересную особенность – наличие "дочерних" шоткатов и их зависимость от "родительских".
Как правило, "дочерние" шоткаты отвечают за те же функции, что их "родители", но с некоторыми дополнительными "фичами". Для их применения нужно дополнительно прижать княпочку "Alt".
Пример: у всем хорошо известного Ctrl+L
(Levels) есть "дочерний" шоткат Ctrl+Alt+L – "Levels with last settings"
(ну или че-то типа того).
Если мы переназначим основное сокращение с Ctrl+L на Ctrl+AnyKey, зависимое автоматом перестроится на Ctrl+Alt+AnyKey.
То же самое и со слиянием слоев.
Основным сокращением в этом случае будет Merge Visible (Ctrl+Shift+E). Stamp Visible же является модификацией этой функции – делает то же самое, но на отдельном слое.
Таким образом, нам достаточно переназначить шоткат для Merge Visible, и его "наследник" будет изменен автоматически.
Т.е., если мы, например, назначим для Merge Visible сокращение F2, Stamp Visible получит Alt+F2…
Вот, собственно, и вся мудрость…
Насчет Конфигуратора ничего не скажу, не пользуюсь.