Application Built-in записывает в PS автоматически сгенерированные объекты, которые можно увидеть, например, в Acrobat-е, после преобразования PS в PDF, а то даже и отредактировать в том Acrobat-е или в AI.
Adobe In-RIP записывает в PS лишь инструкции по треппингу, которые может выполнить только RIP на адобовском движке, и только он покажет результат (в preview или на плёнках).
Оба варианта в настройках печати становятся доступны только при печати на PS-принтер в режиме Separation или In-RIP Separation.
Обо всём об этом можно поглядеть, например, здесь:
http://www.nickhodge.com/mne.php?mcid=1347
(и сама статья, и ссылочки в самом низу)