Подскажите как в ИнДе сделать, чтобы автоматическая нумерация шла не с самой первой страницы (обложка-лицо), а с содержания (3 страница), т.е., содержание чтобы было под номером один, а не три? Надо для журнала.

Надо создать новую секцию (section) с 3-й страницы и для нее задать нуменацию с нужного номера -выделяешь 3-ю страницу и идешь в  меню палитры Pages, команда Numbering & Section Options.
Если первые две страницы должны быть без номера, создай для них свой шаблон (master) без автонумерации.

Кликаешь в меню pages на лист, с которого должна начинаться нумирация, чтобы выделились цифры под иконкой листа, потом заходишь на стрелочку вверху палитры pages (опции), выбераешь numbering & section option, вываливается рамка, там выбираешь start section, start page numbering и говоришь с какого номера страницы стартовать нумерацию, при этом достаточно в самих листах в которых не нужно нумерации просто удалить фрейм с автоматической нумерацией, а не делать другой шаблон. Притом в палитре pages номера страниц изменятся например на: 1-2-3-8-9-10-11